Kırmızı ve Siyah

Çok farklı geçmişlere sahip iki ajan, FBI'ın Gizli Dosyalar olarak adlandırdığı vakaları çözmek için güçlerini birleştirir. Her ikisi de gizli gerçekleri ortaya çıkarmaya kararlıdır. Biri bu dünyaya ait olmayan işaretleri ararken, diğeri de daha bilimsel açıklamalara odaklanır. Birlikte, hayal bile edemeyecekleri keşifler yapacaklardır.

Scully akademiye yeniden atanır ve Mulder da Sigara İçen Adam için çalışan bir köstebek olduğu ortaya çıkan yeni ortağı Alex Krycek'i alır. Kaçırıldıktan sonra, Scully iyileşir ve gerçeği bulma arayışında Mulder'a yardım etmek için geri döner. Birlikte, klonları, UFOları, şekil değiştiren bir uzaylı ödül avcısı ve Mulder’ın babasının olduğu uğursuz bir küresel komployu ortaya çıkarmaya başlarlar.

Mulder kayıptır ve ölü olduğu düşünülür. Scully hala hayatta olduğu bir önsezi yaşar. Yine de, bir araya geldiklerinde bile, her biri ek bir kişisel kayıp, nihayetinde birbirleriyle olan bağlantılarını güçlendirmeye yarayan trajedilerle uğraşmak zorundadır. Tanıdık düşmanlar ortaya çıktıkça ve önceden düşünülmüş kavramlar parçalandıkça bu güce bağlı olarak kendilerini bulurlar.

Muhbiri X, Sendika tarafından öldürüldükten sonra Mulder, yeni bir müttefik edinir. Mulder ve Krycek, Mulder'ın hapsedildiği Tunguska'ya gider. Rus araştırmacılar, Mulder'a kara yağ bulaştırırlar ve Mulder beklenmedik bir şekilde iyileşir. Scully'ye ameliyat edilemeyen bir beyin kanseri teşhisi konduğunda Mulder, hastalığın onun uzaylılar tarafından kaçırılmasıyla bağlantılı olduğunu düşünür.

Scully kendi sahte ölümüne yardım ettikten sonra Mulder Pentagon'a girer ve Scully'nin kanserini tedavi edeceği kanıtlanmış metal şişenin içindeki çipi alır. Scully uzaylılar tarafından birçok kez kaçırıldığını iddia eden Cassandra Spender'la bir bağ kurar.

Mulder ve Scully'nin göreve dönme talepleri reddedilince X-Files'ın soruşturmasını iki yeni ajan devralır: Jeffrey Spender ve Diana Fowley.

Scully, Mulder'ın beyin rahatsızlığına sebep olan uzaylı yadigârının sırlarını açığa çıkarmak için Afrika'ya gider ve Ivory sahilinde gömülü bir uzay gemisi bulur. Mulder, Oregon'da, bir gizleme cihazıyla ormanda saklanan bir UFO'yu ortaya çıkarır ve bir uzaylı kelle avcısı tarafından alıkonularak UFO'yla götürülür. Washington'da ise Scully, Skinner'a açıklanamaz bir şekilde hamile olduğu bilgisin

Mulder hâlâ kayıptır. Scully ise Özel Ajan John Doggett ile bazı X Files vakalarını araştırmaktadır. Doggett, Scully'yi ritüelistik suçlar uzmanı Ajan Monica Reyes'le tanıştırır. Mulder geri döner ve dünyanın uzaylılarca sömürgeleştirilmesini sağlamak için yaratılmış durdurulamaz uzaylı savaşçılar olan Süper Askerler'in varlığını öğrenir.

Öfkeli Ajan Doggett, İkinci Müdür Kersh’e karşı yürüttüğü soruşturmayı ilerletebilmek için Mulder’ı bulmaya çalışmaktadır fakat Scully ve Skinner, dosyayı kapatması için onu ikna etmeyi başarır.

Orijinal dizinin yayınlanmasından on üç yıl sonra, yaratıcı/idari yapımcı Chris Carter imzalı X-FILES'ın akıl almaz altı bölümlük yeni sezonunda yıldız oyuncular David Duchovny ve Gillian Anderson ikonik FBI Ajanları FOX MULDER ve DANA SCULLY olarak geri dönüyorlar.

The X-Files'ın yepyeni sezonunda, oyuncular David Duchovny ve Gillian Anderson tüm cevapların doğaüstü olayları işaret ettiği X Files'ı araştırmak için ikonik rolleri FBI özel ajanları Mulder ve Scully olarak geri dönüyorlar.